设置文部省

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自明治新政府成立至1871年(明治四年)7月实行废藩置县、创设文部省之间，统辖除藩以外的各府县教育的中央教育行政机构是大学校(大学)。它虽然具有总管府藩县学制的职能，但有名无实。因此，1871年7月，明治政府实行废藩置县、改革中央政府官制之际，新设了在教育领域统一掌管全国教育的中央教育行政机构——文部省。7月18日，太政官发布《废除大学，设置文部省》的布告，废止了大学作为教育统治机构的职能，将最高教育行政领导权由大学移到了文部省。

创立之初的文部省设置文部卿(最高长官)，其下设置大辅、少辅、大丞、少丞等事务官，还设置大、中、少博士和大、中、少教授等教官。首任文部卿是大木乔任(1871年7月28日就任)，文部大辅是江藤新平，文部大丞是加藤弘之。根据同年12月制定的《文部省职员章程》，文部卿的职责是：统率文部省及所属诸官员、各学局及大中小学，监督管理其事务；负责教育全国人民，使其懂得各自之道；对文部省掌管事务的可否，在正院进行辩论。

文部省于1871年7月30日设置南校、东校、记录、收发室等四个部门，9月加设编辑寮(1872年9月被取消)。9月29日，取消了上述4个部门，重新设置教师、会计、职员、记录、书籍、收发等6课。同年12月，又将它们改为学务、记录、职务、总务、书籍、收发6课，制定了6课事务章程。从而，文部省具备了作为中央教育行政机构的事务组织，通过这些组织部门向各府县学校发号施令并对其进行监督，日本的近代教育行政制度和组织机构基本形成。