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滤过除菌法系指不耐热的药物溶液通过无菌滤器，除去活的或死的细菌而得到无菌药液的方法。
如注射用长春新碱用此法灭菌。本法必须在无菌条件下操作，才能保证制品完全无菌。此法无需加热，可避免药物遇热分解变质，过滤后药物即无活菌也无死菌，药液中热原及微粒较少，澄度明较好。目前常用的除菌滤器有垂熔玻璃漏斗、微孔滤膜及石棉板滤器等。
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