（四） 恢复与壮大阶段1975—1995年

1975年，在邓小平同志主持中央工作期间提出的“全面整顿”中，北京市革命委员会批准恢复北京市农业科学院建制，由市革命委员会农林组领导。原来的北京市农业科学研究所所属的作物室、蔬菜室、林业室、畜牧兽医室、植保室、土肥室、情报资料室等分别扩建为作物、蔬菜、林果、畜牧兽医、植物保护、土壤肥料等6个研究所。另外，还增设了环境保护研究室、农业现代化研究室、农业气象研究室和情报资料研究室等，科研队伍迅速扩大，科研条件明显改善，科研工作得到加强。为了加强水产业的科学研究，1978年又恢复北京市水产研究所，从事淡水渔业的科学研究。北京市农业机械化研究所、北京市水利科学研究所等在这一时期也得到进一步充实。
为更好地适应形势发展的需要，1983年市政府批准北京市农业科学院更名为北京市农林科学院。1983年将农业现代化研究室和农业气象研究室合并成立农业综合发展研究所；1984年将植物保护研究所与农业环境保护研究所合并成立植保环保研究所；在情报资料室的基础上建立农业科技信息研究所；1986年成立植物细胞工程实验室，专门从事生物技术育种研究；1987年将蔬菜研究所改建为北京蔬菜研究中心，同年获得日本国政府国际协力事业团(JICA)的无偿援助及技术合作，增添了大量先进的仪器设备，成为联合国粮农组织亚太地区蔬菜研究开发项目的协调单位。1995年又被国家科委认定为北京蔬菜工程研究中心。
在改革开放中，北京市委、市政府在加强自然科学研究机构建设的同时，还于1990年批准建立起北京市农村经济研究中心，承担北京市城郊经济研究、城乡经济信息、农业资源区划和农村合作经济管理指导等项研究、咨询、服务工作，既为市、县（区）政府决策和管理服务，也为基层合作社、企业、农户和社会服务。在国有农场系统，为推进企业技术改造和科技进步，市农场局于1979年8月成立国内首家奶牛研究机构——北京市奶牛研究所；同年还成立东北旺农业科学研究所（由原东北旺科技站改建），主要从事玉米、小麦育种工作；1983年6月成立巨山园艺研究所，主要从事花卉引种和组织培养繁育技术开发研究；1992年在奶牛所的基础上，经过调整成立北京市奶牛中心，逐步形成一个集科研、推广、生产、经销于一体的企业科技单位。
到1995年，北京市属农林牧渔及农机、水利等独立研究与开发机构11个。这些科研单位在科技体制与经济体制改革中放开、搞活，不断发展壮大，为科技兴农作出了重要贡献。