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建于1978年，位于昆明市王家坝。设有环境生态、湖泊、水土、环境工程、化学分析、环境评价及规划等研究室。1997年有职工139人，科技人员117人中，高职30人。建所以来完成科研项目307项，其中2项获国家科技进步奖，31项获省部级奖。办有季刊《云南环境科学》。
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