（五）水环境出现了不利影响

1. 冰川。新疆冰川每年融水量178. 6亿立方米，约2/3补给河流，素有天然“固体水库”之称，是保持新疆河流年径流量和农业灌溉水稳定的重要条件。但是，由于大气影响，冰川出现退缩现象，且有发展趋势。1959—1973年，天山东段喀藏塔布都冰川不同冰舌部位退缩了85. 8～112. 8米； 1962—1971年，天山中段1号冰川冰舌不同部位退缩46～62米； 1964—1978年，天山西段托木尔峰区的卡拉格玉勒冰川退缩225米。天山乌鲁木齐河源1号冰川观测资料表明：1959—1988年的30年间，消融量大于积累量的负平衡为19年。冰川亏损的持续增大，造成冰川面积的缩小和雪线上升。从50年代至80年代，天山山脉的现代冰川有3/4处于退缩状态，特别是80年代以来，天山山地冰川物质平衡严重亏损。这种情况在中亚干旱区的现代冰川中具有普遍性。
2. 河流。新疆河流对农业环境制约作用明显，其水量、水质的变化影响着农业环境的变化。
多年来新疆河流径流量变化不大，绝大多数河流水质较好。1994年对新疆流经城镇或位于城市附近的19条河流监测结果是： 属一级清洁水质的河流有： 头屯河、白杨河、玛纳斯河、玉龙喀什河、阿克苏河、多浪河和伊犁河共7条，占36. 84%。二级较清洁水质河流有：乌鲁木齐河、三屯河、孔雀河、克孜河、布谷孜河、额尔齐斯河和克兰河共7条，占36. 84%。三级轻污染水质河流有：奎屯河、开都河、喀拉喀什河和吐曼河共4条，占21.05%。五级重污染水质河流有1条即水磨河，占5.27%。从一至二级水质河流占73. 6%来看，新疆大多数河流水质较好。但有的河流水质污染问题已很突出，如水磨河总硬度超标0.57倍，氨氮超标3.84倍，亚硝酸盐氮超标0. 37倍，是超标项目最多的河流； 吐曼河总硬度超标0. 52倍； 奎屯河氨氮超标0.64倍；开都河氟化物超标0.36倍。这些情况值得引起重视。
3. 湖泊。新疆由于罗布泊、台特马湖、玛纳斯湖和艾丁湖的干涸，艾比湖、乌伦古湖和博斯腾湖等湖泊水位下降，面积缩小，1995年湖泊面积仅为新中国建立初的63%。新疆在盆地中心潴聚而成的湖泊较多，且以咸水湖为主，虽在社会经济发展中利用价值不高，但对维系区域生态环境起着重要作用。
1994年，对流经城镇的7座吞吐型湖泊和水库进行监测的结果是：从污染指数看，青格达湖、乌拉泊水库、大泉沟水库属一级清洁水质；泉沟水库属二级较清洁水质；博斯腾湖为三级轻污染水质；柴窝堡湖和蘑菇湖为四级中度污染水质。7个湖、库中，一至二级的有4座，占57.14%，说明湖、库水质总体较好。但超标情况亦不容忽视，柴窝堡湖pH值超标0.34倍，化学耗氧量超标1.14倍，亚硝酸盐氮超标2.45倍；蘑菇湖化学耗氧量超标1.54倍，5日生物需氧量超标0.67倍；博斯腾湖总硬度超标0.32倍；泉沟水库pH值超标0.14倍。
4.地下水。新疆地下水可开采量252亿立方米。地下水水质变化规律是：在山前倾斜平原潜水溢出带，水质保持低矿化度；溢出带以下洪积平原，水质含盐量增高，矿化度为2克/升左右；在下游地下水排泄区，潜水量蒸发浓缩，形成高矿化度的潜水。
根据1994年全区15个城市地下水水质监测结果，克拉玛依、吐鲁番、阿克苏、奎屯、石河子5城市水质为一级，占41.67%；哈密、昌吉、阿图什、喀什4城市水质为二级，占33.33%；库尔勒、阿勒泰2城市水质为三级，占16.67%；乌鲁木齐市地下水水质为四级，占8.33%。总的来说，城市地下水水质相对较好。