（二） 改革运行机制，促进职能转换

1.明确市农科院的功能。天津市农科院作为综合科研机构，在科研体制改革中其领导职能表现在：通过争取上级领导支持和依靠自身力量对全院各所的学科和专业建设、条件建设进行规划，集中力量支持和组织实施重大科技开发项目。其服务职能表现在对各研究所进行全方位服务，在全院所范围内实现人员、资金物质的重组、分流、机制转换、制度创新，实现科研院所条件的改善。
2.改革拨款制度，促使研究所自立与发展。1985年中共中央《关于科学技术体制改革的决定》颁布以来，天津市各研究所陆续推行了所长负责制，市农机研究所、市水利研究所等试行了招标承包责任制的改革。在改革拨款制度中，黄瓜所、蔬菜所、园艺工程所相继实行了经费自立的改革，其他研究所在拨款制度上也实行了削减事业费的做法，逐步形成了三种运行机制： 自收自支、差额预算、全额预算管理。1996年市农科院为增强其宏观调控能力，对所属研究所进一步调整了事业经费使用方向。
❶逐步减少事业经费中用于“人头费” 的比例，在保证离退休人员工资的前提下，各所事业费预算的30%用于事业发展，其中一部分由院集中投入，一部分根据研究所提出的项目返回各所。
❷调整各研究所上缴额，逐步提高创收总额中院集中使用的额度。在基本稳定上缴比例的基础上，适当调高大所的实际上缴额，为院整体发展做贡献。从而促使各研究所从自身发展考虑，积极争取新项目、提出新项目、寻找发展出路，即使全额预算单位也开始走向企业化管理的道路。
3.以人事制度改革为突破口。根据 “稳住一头，放开一片”、“结构调整，人员分流” 的方针，进一步放宽了研究所管理权限。各研究所实行所长负责制，依业绩而决定续聘或解聘，进一步明确和放宽人事、机构设置和分配管理权限。研究所实行全员聘任制，自行聘任所内各类人员，对富余人员采用所内转岗改聘、待岗培训、提前退休、转换单位等方式，也可以自谋职业。对技术人员的职务评聘分开，任职资格按有关规定评定，聘用权由所长决定。天津市农科院于1994年实行全员聘任制、目标管理责任制和经济承包责任制。市水利科研所推出 “全员聘任制实施细则”，根据科研方向和发展的需要，本着精简高效原则，定机构、定职、定责、定岗、定双向选择，择优聘任，与经济效益挂钩。根据各研究所的情况不同，允许实行一所两制，部分研究机构，人员放开，实行自收自支、承包经营、企业化管理等。
多数研究所实施把人事管理和用工制度改革与推行企业化管理结合起来。园艺工程所试行 “五岗”制，并探索在岗人员的风险机制； 林果所大部分实体、部门和岗位都已纳入企业化管理范畴，并将行政后勤人员的大部分转为经营服务型，逐步走向自收自支；蔬菜所在行政后勤部门实行了一人多岗，减员增效； 黄瓜、蔬菜、园艺工程3个自收自支单位，试行“工效挂钩” 的分配制度，将人事、用工制度逐步与人才市场和社会保障体系接轨。在进行人事制度改革的同时，狠抓素质教育，提高员工素质。大部分研究所设立了 “培训基金”，对在职职工建立继续教育的培训档案，使各类人员的教育、培训能在摸清底数、分类排队的基础上统筹安排，有序进行，严格考核，讲求实效。对基本功的培训考核工作，即外语、计算机应用、科研设计和写作能力作为对科技人员的上岗要求，列为培训工作的重点内容。
4.尝试产权制度改革。为充分利用和发挥科研成果优势，积极开拓多种形式的技术贸易活动，推动研究所逐步转化为科研、开发、经营一体化的经济实体。研究所所属单位、机构可实行多种形式的承包、承租经营及股份制经营管理。鼓励科技人员参与科技、经营承包和领办技术经济实体，在不侵犯成果持有单位权益的情况下，院、所可采取集资联营、技术入股等形式扩大开发的联办实体，也可和院所外单位合资合作。对于独立企业和单独核算的开发经营机构，在明确产权、责权利关系，及独立承担民事责任的基础上，使企业真正做到 “自主经营，自负盈亏，自我约束，自我发展”，并实现国有资产的保值增值。
在开发管理上，市各科研所越来越重视企业形象的塑造，增强了产品质量是企业生命认识，经营种子的企业都办好了 “两证一照”，并在注册商标、申请专利上做了努力，更加重视对知识产权的保护工作，对于假冒产品，积极协助有关部门查处，使企业利益得到保护。