（三）农业税种

由财政部门负责征收管理的农业税种，包括农业税、农业特产税、耕地占用税和契税。1994年税改后，划归地方税，是地方财政收入的重要来源。
农业税是国家向一切从事农业生产并取得农业收入的单位和个人征收的一种税，体现了国家与广大农民之间的分配关系。是关系地方财政收入、农业生产发展和农民经济利益的一项重要税收政策，其基本原则是兼顾的原则、合理负担的原则和鼓励增产的原则。
农业特产税是农业特产农业税的简称，是国家向从事农业特产生产的单位和个人征收的一种农业税。是农业税的一个组成部分。1994年税制改革，国务院将原征收的农林特产税与征收产品税的农林牧水产品合并，改征农业特产税。扩大了征税范围，相应调整了部分产品的税率，是国家整体税制改革的措施之一，与其他税种相互配套、相互协调。1990年全省农林特产税征收入库3 298万元，1995年征收入库189 769万元，1997年征收入库334 397万元，达历史最高水平。1999年征收入库171 399万元。
耕地占用税是国家向占用耕地建房或从事其他非农业建设的单位和个人征收的一种税。征收耕地占用税是为合理利用土地资源，保护农用耕地，运用法律和经济手段加强土地管理，制止乱占滥用耕地的一项重要政策。1987年4月1日国务院发布《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》，据此，省政府云政发[1987] 36号文发布了《云南省耕地占用税实施办法》。1990年征收入库5 939万元，1995年征收入库11 989万元，1997年征收入库13 722万元，1999年征收入库12 749万元。
契税是在土地房屋不动产所有权和使用权发生转移变动时，按当事人双方所订的契约买价的一定比例向产权承受人征收的一次性税收。1950年政务院第26次政务会议通过《契税暂行条例》，西南财政部同年12月25日核定，1951年5月28日修正通过《云南省契税征收细则》，之后曾一段时期处于停征状态。1990年全面恢复征税，由财政机关负责征收管理，当年征收入库204万元，1995年征收入库1 635万元，1997年征收入库2 857万元。1997年7月7日，国务院令第224号发布了《中华人民共和国契税暂行条例》，财政部财发字[1997] 52号印发《中华人民共和国契税暂行条例细则》，根据国务院、财政部规定，结合云南实际，1998年5月18日云南省人民政府令第55号发布了《云南省契税实施办法》。1999年征收入库13 155万元。

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（三）农业税种

农业税的征收对象是纳税人的农业收入。农业收入包括粮食作物、经济作物、园艺作物等以及经国务院规定或者批准征收农业税的其他收入。税率有如下三种：
1.全额累进税率。是在建国初期到农业合作化以前实行的，适应了当时农村以个体经济为基础的情况。实行全额累进税率，要按照征税对象数额的大小，规定不同等级的税率，数额越大，税率越高，即所得多的多征，所得少的少征，没有所得的不征。按照当时的规定为十四级税率，最低税率为3%，最高税率可达50%，但对每户收租10万公斤以上者，按60%—80%征收。这样，不仅能够体现对收入多的多负担，收入少的少负担的原则，贯彻合理负担政策；而且可以调节各阶层农民的收入，有利于限制地主、富农经济的发展。
2. 地区差别比例税率。是在实现农业合作化以后，地主、富农经济不存在了，个体经济已转变为集体农业经济的条件下，从1958年起全面实行的。采用地区差别比例税率，即对不同地区实行不同税率进行征收。国务院分配广东的平均税率为15.5%，由省分别不同地区的经济情况，核实各地市的平均税率，并规定各市、县对所属地区规定的税率，最低不得低于计税产量的6%，最高不得超过计税产量的25%，分别组织征收。这对于调节不同经济地区农民的收入，平衡税收负担，扶持贫困地区发展生产，改善生活，起了一定的作用。
3. 农林特产农业税。也称农林特产税，是农业税的组成部分，一向都有征收。党的十一届三中全会以后，农业生产结构发生了较大变化，农林特产得到较快的恢复和发展，特别是国家对农副产品价格放开以后，农林特产收入有了较大幅度的增长，为了调节农林特产生产的收入，平衡各项农作物的税收负担，保护种粮的生产积极性，农林特产税也逐步从农业税中分离出单独征收。1987年，省开始对各地市单独下达农林特产税的征收任务，征收税率为：
淡水养殖、海水养殖、滩涂养殖收入，税率为10%，其中的水珍品(暂定为珠蚌、珍珠、海参、鲍鱼)，税率为15%;
水果类中的柑橘橙、蕉、荔枝、芒果收入，税率为15%，其他水果及果用瓜收入，税率为10%;
花卉、橡胶、亚热带作物收入，税率为10%;
原木、苗木、竹、茶叶收入，税率为8%;
生漆、茨良、木本油料、水生植物、药材、桑、松脂收入，税率为7%。