（一） 地表水水质

1.长江口。长江口水体水量大、自净能力较强，相对而言，是当前上海境内水质最佳水体，但长江口水体水质存在区域性和时间性变化。由于自徐六泾到吴淞口70公里长的江段沿岸有主要污染源30处，故沿岸水体水质较差，近岸有黑色污染带。据遥感资料检测，离岸1 200～1 300米处江水存在一条明显的分界线，线外江水自净能力高出线内江水3～4倍。时间性变化表现在，汛期长江下泄水量大，但在11～次年4月的枯水期，时有咸潮入侵，历史上明嘉靖三十五年(1556年)、清雍正二年(1724年)与清乾隆五十二年(1786年)等年，曾有咸潮入侵记载。新中国成立后，咸潮入侵影响以1978—1979年与1987年范围最大、时间最长与浓度最高，其他年份均有不同程度的影响。
2.黄浦江。黄浦江在1960年以前曾是一个主要渔业区，鱼虾成群，盛产鳗鱼、鲈鱼、鲳鱼、毛鲚鱼等，全江段均可捕鱼，水质良好。
随着经济发展与人口增长，废污水治理又不能同步，伴随着废污水排放量的增加，黄浦江水体水质经历了由良好—轻度污染—较重污染—严重污染的变化过程。干流黄浦江在1958年前，因仅有个别支流污染水体泄入，沿江工厂不太多，当时河道自净能力较强，水体水质基本良好。1959—1962年，水体出现轻度污染，夏天出现黑臭天数记录。自1963年起，因干、支流的纳污量不断增加，造成干流水体自净能力日见降低，逐步发展为终年有黑臭天数记录。据上海市自来水公司黄浦江干流黑臭天数记录资料，1963—1993年(31年)平均每年出现104天，其中1963—1977年(15年)平均每年仅29.8天，1978—1980年(3年)平均每年为98.7天，1981—1989年(9年)平均每年153.4天，1990—1993年(4年)平均每年出现275.3天。
据1996年市水文总站的水质监测资料，黄浦江从淀峰至吴淞口全长为113.4公里，全江段全年水体水质在Ⅲ～劣于V类(劣于V类是结合太湖流域的实际情况增加的，在GB3838—88的全国标准中无此分类，下同)之间，其中Ⅲ类水质河长为32.1公里，占全长的28.3%;Ⅳ类为45.2公里，占全长的39.8%; Ⅴ类为11.2公里， 占全长的9.9%; 劣于Ⅴ类的为24.9公里， 占全长的22.0%。
3.苏州河 （吴淞江）。1910年前， 上海工业尚处于萌芽阶段， 且人口密度不大， 苏州河水质清沏，鱼类成群。20年代起苏州河开始出现水体污染。1911—1924年， 原闸北水厂曾在恒丰路桥附近取用苏州河水体作为供水水源。自1920年以后水质逐渐恶化，1928年闸北水厂被迫迁至军工路新址， 以黄浦江为水源。以后， 由于苏州河水体终年黑臭， 现仅具航运、行洪与纳污等功能。
为改善苏州河沿线地区水环境， 1988年8月25日开工兴建上海合流污水治理一期工程， 投资16亿元。主体工程于1993年12月通水， 原污水直排苏州河的108家企业， 已有101家完成接管和预处理。1995年开始， 市政府着手组织进行苏州河环境综合整治工程， 目标是彻底改善苏州河水质及沿岸面貌。
据1996年的水质监测资料， 苏州河全年河段水体水质在Ⅴ类至劣于Ⅴ类之间， 其中Ⅴ类的河段为19.1公里， 占全长的35.4%; 劣于Ⅴ类水的河段为34.9公里， 占全长的64.4%。
4.淀山湖。全淀山湖水体于1996年已平均达到富营养化程度， 湖水中氮、磷浓度很高， 且在逐年上升， 富营养化程度还在加剧。