（一）1978年前

1950年2月云南全境解放，中共云南省委正式成立，滇桂黔边区党委工作结束。
1949年7月以前云南地下党发展党员是比较慎重的，但在云南解放前后的几个月中对发展党员控制不严，发生了一些偏差，个别地方接收了一批不够条件的人人党，有的坏人趁机混入党内，造成组织不纯。但总的看成绩是主要的，缺点错误是次要的。1951年，出席全国组织工作会议的云南小组，对云南地下党的看法发生争论。当时，刘少奇同志明确指出：“云南党光荣伟大是第一，这是应该肯定的。”“应该承认他们作过好事，打了游击，建立了武装，培养了干部，他们作的正确，作的伟大，作的英勇，是有功劳，要承认，要肯定。但是还有第二、第三，那就是有毛病缺点错误。第一、第二都要承认，只看缺点而抹杀成绩不对，只看成绩而忽略了毛病缺点也不对。”这个评价是符合历史事实的。
1951年5月21日，中共云南省委根据中央的指示和全国组织工作会议精神，分析了云南党组织的状况，作出《云南省委关于初步整顿党组织的决定》。确定这次整党以原地下党的干部为重点，采取了四条措施：
❶调整主要干部，县以上主要干部一律由经过土地改革三查(查阶级、查思想、查作风)、整党锻炼的外来干部担任，原地方干部参加领导，有的重新分配工作；
❷对党员进行共产主义、毛泽东思想教育，党的整体观念的教育，党纲、党章、党员标准的教育；
❸初步审查干部，分清敌我；
❹整顿农村党支部，采取继续活动、停止活动、解散三种办法处理。
这次整党从1951年5月开始至1953年春节结束。通过这次整党，广大党员，特别是长期处于地下斗争和游击战争环境下的云南地下党干部，政治觉悟和政策水平都有很大提高，党性有所增强，初步纯洁了组织，对完成减租退押、土地改革等任务起了积极作用。但由于对云南地下党和“边纵”处于远离党中央的边疆和民族地区，各种矛盾错综复杂条件下工作中出现的一些问题看得过重，同时，受当时历史条件的限制，整党中对人的处理材料未能经过认真调查核实就做出处分决定，有的定性不准，以致造成处理面过宽，许多受到错误处理，有的党员干部被长期“挂起来”，一些问题在后来的政治运动中又被引伸上纲，继续受到错误处理。整党中，有相当一部分农村党支部被停止了活动，以后，对具备党员条件的同志，又没有恢复其党籍。
云南农村基层党组织除在整党中保留的少数在地下斗争中建立的以外，绝大部分是在土地改革的基础上逐步建立的。1952年11月，中共云南省委召开第一次全省组织工作会议，中心任务是为迎接大规模的经济建设作准备。提出的任务之一是积极慎重发展党员，建立农村基层党的组织。1952年下半年，土改试点县的农村在建立基层政权的同时发展了一批农村党员，建立了一批党支部，在取得试点经验的基础上，省委按照积极慎重的方针，采取就地发展，集中教育的方式和步骤在全省有计划地分期开展了公开建党工作，坚持了对发展对象进行系统的教育和考核，保证了新党员的质量和建党工作的健康发展。据1955年底的统计，农村党员达98 479人，占全省党员总数的62.1%。建立了农村党支部6 910个，党总支87个。在农村乡一级普遍建立了党的基层组织。党的基层组织在带领群众发展农业生产和农业合作化运动中发挥了战斗堡垒作用。
1958年始，在“反右派”、“大跃进”、“人民公社化”等一系列运动中，农村党支部的活动极不正常。人民公社中大约有30%的队没有党员，有30%左右的队建立不起党支部或党小组。1959年7月，省委批转了省委组织部《关于进一步整顿与健全党的农村支部生活，加强支部领导的意见》，对组织关系转入工业战线大战钢铁及之后又回到农村的近3万名党员，进行组织查实，对误认、假报、错转为党员的以及混入党内的地富反坏分子，分别进行处理。1962—1965年，农村党支部进行了若干次整顿：
❶集中力量做好重新教育党员的工作。大力开展学习毛主席著作运动。进行社会主义教育，教育党员和干部积极参加集体生产，所有干部必须同群众同吃、同住、同劳动、同商量；
❷建立党支部的正常工作秩序，对后进党支部进行整顿；
❸把培养革命接班人的任务落实到每个党支部；
❹为适应阶级斗争、生产斗争和科学实验三大革命运动的需要，有领导、有控制、有重点地接收一些新党员。
1966年“文化大革命”爆发后，云南农村基层党组织受到冲击，正常的党内生活无法进行。农村基层党组织处于瘫痪状态，直到1972年后，农村基层党组织才逐步恢复。