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又称自生性溶酶体。次级溶酶体的一种。指与内源性作用底物结合后的溶酶体。细胞内退变、崩解的某些细胞器(如线粒体、内质网等)、某些内含物(如糖原、脂类等)和局部细胞质被单位膜所围绕形成自噬体，并与初级溶酶体融合而成自溶酶体，以消化分解这些内源性物质。这是细胞器和其他结构自然退变更替的一种正常途径。
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