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胚胎第18天左右，脊索管的底壁与其下方的内胚层大部融合并随之破裂，于是脊索管便开口于形成中的原肠。此时，脊髓管通过原窝与背侧的神经管相通，腹侧则与原肠相通，于是脊索管即成为沟通神经管与原肠的中间通道，故名脑肠管。以后原肠的顶由内胚层修复，原窝消失，脑肠管衍化成脊索。
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