用无毒或毒性较小的某种染料注入动物体内，被机体内某些组织或细胞所摄取而选择性染色的一种方法。如用台盼蓝等染料注入动物体，可被吞噬细胞吞噬并显色，用这种染色法可探讨吞噬细胞的机能活动及在机体中的分布。从机体内取出的活细胞进行体外活体染色，可以观察细胞的分化和探讨细胞的不同功能亚群。
活体染色
将无毒或毒性较小的某种染料注入动物体内，可被机体内某些组织或细胞所摄取，称为活体染色。由有机体取出活细胞进行体外染色称为超生体染色。例如将茜素注入动物体内，可被骨组织选择性地吸收，沉淀在骨基质内。新沉淀的茜素颜色较红。利用这种古典的标记方法，可了解骨组织的生长过程和各种因素对骨组织生长的影响。用台盼蓝等染料注入动物体，可被吞噬细胞吞噬，借活体染色法可探讨吞噬细胞的机能活动和在机体中的分布。由机体内取出的活细胞可被多种染料染色，借助细胞的超生体染色可鉴别细胞的死活、观察细胞的分化和探讨细胞的不同功能亚群。鉴别细胞死活的最简便的方法是用1%美蓝染色，凡细胞着蓝色者为死细胞。用0.01%吖啶橙生理溶液染色，在荧光显微镜下观察亦可鉴别死细胞。活细胞的核呈黄色-黄绿色荧光，细胞死亡后核的荧光变为红色。根据末梢血液内显红色核的白细胞数量，可判断辐射对机体损伤的严重程度。用0.1%硫代黄素荧光素染色后，淋巴细胞和巨噬细胞均能呈现异质性荧光，结合免疫学手段和功能试验，可进一步探讨淋巴细胞和巨噬细胞的不同功能亚群。Janus绿可“选择性”地使线粒体呈现绿色，借此可鉴别细胞匀浆中的线粒体和其它微粒。