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是将来自某一生物一个种的一条DNA链与来自同一生物变种的另一条链进行杂交而成。这种方法可用于寻找突变的位置和不同DNA的亲缘关系。若有碱基的缺失或增添，杂交分子的缺乏或增添部分由于是单链而突出成环。亲缘关系越近者，杂交双螺旋的互补程度越高。
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