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系指DNA序列的差异或不同DNA 序列总的长度而言。对于病毒和大肠杆菌等原核细胞基因组来说，由于不含重复序列，其基因组DNA的序列代表其复杂性；对真核细胞DNA来说，由于存在重复序列，则其复杂性相对较小。可用百分比的方法比较其复杂性。
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