2.严重破坏阶段1966—1976年

1966年中共中央发出《5.16通知》，8月做出《关于无产阶级文化大革命的决定》。此后，在极“左”思潮的诱发下，无政府主义泛滥，派性猖獗。学生停课闹革命，走出校门到全国各地进行大串联。在1976年上海“一月风暴”冲击下，掀起“夺权”浪潮，各校红卫兵，踢开党委闹革命，使学校党政工作无法正常进行，学校陷于瘫痪状态。批斗“走资派”和“反动学术权威”，使大批领导干部和教师蒙受不白之冤。在1978年“清队”中，许多教师和干部遭受迫害，大搞逼供信，有的甚至摧残致死。到1968年底农业院校的学生，有的毕业，有的回社或回家，全部离开学校。此时由解放军、工人组织宣传队管理学校。1969年末延边农学院下马，改为延边农业学校。1969年末到1970年初，根据要准备打仗的指示，农业院校被迫搬迁，大批教职员下放农村插队落户。学校校舍被占，教学仪器、标本、图书等贵重设备和资料，均遭严重破坏或流失，从1966年起，相继六年之久未能招生，学校处于关门停办状态。
1971年4月国务院召开全国教育工作会议，对教育做出“两个基本估计”和“全盘否定建国十七年教育成就”的错误的结论。严重地挫伤了从教人员，特别是教师的积极性。从1973年开始，一些农业大中专院校陆续招生，有些下迁学校回归校址，下乡插队落户的教职员相继返校，开始招收工农兵学员和举办干部短期轮训班。从1974年起全省大中专院校开始统招统分两批正式班学生。1975年中央要求全国农林大中专院校一律实行“社来社去”，不包分配。各校强行学习分散办学、社来社去的“朝农”经验，倡导“头上长角，身上长刺”精神，批判师道尊严，否定文化考核制度，片面强调了“以干代学”、“以劳代学”，走出校门，丢开课堂，实行所谓的“开门办学”，使一度正常的教学秩序，又被打乱。
这期间，全省办了56所“社来社去”、“队来队去”的五七大学。后因不具备条件，陆续停办。