验证是对HACCP系统是否按HACCP计划正确实施或是否有必要对HACCP计划作修正而进行判断的方法、程序和试验检查。验证与监控不同，监控是为了检验CCP的控制状态，而验证是检验HACCP系统，例如定期验证某CCP部分可以明确制造者责任的合法性或合理性，控制参数与监控器的适当性，认识HACCP计划中的缺点和弱点，修正和改进HACCP计划，以建立更加合理的HACCP系统。
食品企业的各种资料都应证实在HACCP计划中已查明了全部危害，包括物理、化学、感官和微生物的判定证据均应一致。食品企业应建立一个完善的验证HACCP是否正常运行的程序，食品卫生监督部门也应加强对企业HACCP正常运行的监督工作。
验证整个HACCP系统是否正常工作可从如下内容进行考核：①核查温度、时间和记录，②观察关键控制点的操作，③核查行业自身监测的准确性，④监测仪器精度的检验与校正，⑤随机采样分析，⑥询问操作人员，了解他们进行CCP监测的方式，⑦核查正在使用的电子或机械控制措施是否有效，⑧偏差情况及其修正措施，⑨各种符合HACCP计划正常运行的书面记录等。