铁、锰在地表水中的含量极低，主要含于地下水中。铁一般以无色重碳酸盐的形式存在于地下水中，地下水被采后，二价铁离子就会氧化成为三价铁离子，容易形成Fe(OH)3的沉淀。大量铁的沉淀会使水呈现令人厌恶的红棕色，一般自来水的铁含量低于0．3mg／L。当水中的铁浓度超过0．3mg／L时会损害饮料的风味，并导致沉淀、着色或退色，进而影响饮料产品的质量。铁含量多的水还容易生长铁微生物，使水产生不快的臭气。由于铁对饮料，特别是对果蔬汁饮料的影响，有必要限制水中的铁含量，为此规定饮料用水中铁的含量必须低于0．1mg／L。铁含量高的水可用暴气和过滤，或凝聚沉淀过滤、离子交换等方法处理。
锰在水中的存在形式与铁极为相似，常与铁共存，但其含量一般比铁低。锰含量0．3mg／L左右的水有时会由于氯化作用呈现淡褐色的色调。较高浓度的锰也会使饮料风味不良。和铁一样，锰的存在可导致水中沉淀物的产生。