根据典型的临床表现、发病部位及经过与接触史等，尖锐湿疣诊断并不难。皮损不典型的病例应作醋酸发白试验及组织病理检查，并与下列疾病鉴别：
(1)肛门、生殖器癌：肛门、生殖器癌最早表现为浸润性丘疹、结节，以后逐渐增大至斑块状或菜花状，容易形成溃疡。损害质硬，基底部浸渍，常出血、结痂。表面损害相互浸润粘连。
(2)生殖器鲍温氏丘疹病：该病为多发性红色或棕红色小丘疹，直径2～10毫米。多见于青壮年，有自行消退趋势。
(3)扁平湿疣：扁平湿疣损害为集簇性红色柔软、扁平的丘疹，可融合成片，扁平匐行性扩展，表面光滑。可因局部潮湿、摩擦等使表面有分泌物、糜烂，甚至形成溃疡。损害内可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应强阳性。
(4)假性湿疣：假性湿疣又称为绒毛状小阴唇，发生在20～30岁性活跃年龄的女性。典型的皮疹为1～2毫米大小的丘疹，表面光滑，群集分布呈鱼子状粘膜色、淡白色或淡红色，常见于小阴唇内侧、阴道前庭，也见于尿道口和阴道口周围，分布一般对称。大多无自觉症状。
(5)阴茎珍珠状丘疹：表现为环绕阴茎龟头冠状沟的成串珍珠样小丘疹，直径1毫米左右，圆顶，表面光滑或呈毛发样，规则地排列成线条状，一条或多条不等，可单一丘疹发生，也可以在冠状沟上呈半圈或一圈，但不融合，呈肉色、白色或淡红色。无自觉症状。