长距离运输种蛋要包装好，避免蛋与蛋之间直接碰撞。种蛋在运输中不论采用何种交通工具(飞机、车辆、船舶等)，都要避免阳光曝晒，特别在夏季，因为阳光可使种蛋升温，胚胎开始发育(属于不正常发育)，会直接影响到孵化效果。另外要防止雨淋受潮，因为种蛋外表的油质层接触水后被破坏，细菌会很快侵入蛋内部，使种蛋腐败变质。在北方，冬季运输种蛋要注意防冻，受冻严重的种蛋孵化后根本不发育，仅在胚盘处看到一些气泡。装运种蛋要轻拿轻放，不要使蛋箱发生变形受损。运输中要严防强烈震动，因为强烈震动可使系带断裂、卵黄膜破裂和气室移位，这将明显影响种蛋的孵化率。