生物肥料是含有活微生物的特定制品，在这种制品中，活微生物的生命活动起关键作用。因此，生物肥料与其他肥料或物质混合，以不伤害微生物活体为主，如果伤害了微生物活体就不可以混合。
1．可以混合
(1)生物肥料之间可以混合，不同菌种之间生产的生物肥料可以混合，生物肥料可与有机肥混合。
(2)生物肥料与少量微量元素混合。固氮菌可添加少量钼、铁、钴等微量元素。
(3)生物肥料可与少量稀土混合。
2．有条件混合 生物肥料与化学肥料混合：①生物肥料(主要为牙杆菌)单独造粒，然后与复混肥混合。②微生物菌剂接种鸡粪、猪粪等有机肥，发酵后，然后与无机肥料混合。
3．不能混合
(1)生物肥料不能与含有大量挥发氨的化学肥料混合。
(2)生物肥料不能与农药、杀虫剂混合。
(3)生物肥料不能与大量过酸或过碱的物质混合。