近年使用较多的活菌制剂是乳杆菌、双岐杆菌和全悉动物(holoxenic animal)的优势菌群的混合物。活菌制剂在生态防治中的应用，主要是扶持肠道菌群中优势成员厌氧菌群，提高宿主的定植阻力和免疫力，使生态平衡得以恢复。
首先是乳杆菌和双岐杆菌，国外已制成食品添加剂和保健药品。双岐杆菌活菌制剂不仅用于肠道疾病，还选择具耐某些抗生素双岐杆菌联合抗生素治疗败血症等，取得相当满意的疗效。使用全悉动物分离的优势菌群混合物，被证明对菌痢、成人肠炎、仔猪痢等都获较好疗效。又如川雅30号治疗仔猪黄痢也获一定疗效，从雏鸡分离的乳杆菌防治鸡白痢效果也不错。124－146生物制剂(双岐杆菌和酵母菌联合活菌制剂)在防治幼畜的腹泻方面取得了可喜的疗效。尤其值得一提的是促菌生、新促菌生(蜡样芽孢杆菌无毒株以及和双岐杆菌混合制剂)和回春生，经多年临床作用证实其对婴幼儿腹泻、胃肠炎、结肠炎、肝炎、菌痢等，以及羔羊痢、仔猪黄痢、雏鸡白痢等都有相当的疗效。其机理与夺氧，降低Eh，扶持厌氧菌，抑制致病菌，消耗肠道气体，减少对肠道刺激，调节生态平衡等有关。当然，综合性的活菌制剂，尤其是联合生态防治方法，还有待于今后进一步开发。