水运企业水铁联运的收费方式和结算主要有两种。(1)水铁全程一次收费。即对于煤、铁、粮食等整车物资，一般实行由起运港或起运站一次起收全程运杂费的方式，但到达地点的运杂费及运输途中属于发货方责任而发生的垫款，由到站或到达港向收货人核收。(2)铁路和水路分别计费。这又有几种具体情况，①铁路起收，铁路到收。即从铁路起运到达水路时，发站向发货人计收铁路区段的运杂费，由到达港向收货人计收水运区段的运费、港杂费和换装费。②水路起运，铁路到收。即起运港向发货人计收水运区段的有关费用，由到达站向收货人计收铁路区段的运杂费。③铁路起收，铁路到收。即从铁路起运经水路，再达铁路时，发站向发货人计收所有铁路区段的运杂费，由换装港将水运区段的运费、港杂费和换装费填入联运票据，由到达站向收货人计收。④水路起收，水路到收。即从水路起运经铁路，又到水路时，起运港向发货人计收所有水运区段的运费、港杂费和换装费，换装站将铁路区段的运杂费填入联运票据，由到达港向收货人计收。水路和铁路之间运杂费清算，凡在起运地点一次收清水陆全程费用的，以第一换装地点当地清算为原则；凡不能在起运点一次收清全程费用需要办理相互代收费用的，在最后换装地点进行清算。水运系统内部港、航之间有关运输收入的结算，采用“逐段解缴和扣收”的结算方法。