微量元素不足，多半只出现在特殊的环境中。在大多数情况下，它们未必是很重要的。在新南威尔士州主要是缺钼和锌。
钼为三叶草形成有效根瘤所必需，但在酸性土壤中，它能形成难以被植物利用的形态。因此，与肥料一起施钼，将能满足作物和牧草的需要。
在碱性土壤，可能出现缺锌。平整土地可使缺锌加剧。在新南威尔士州受到影响的主要作物有玉米、高粱和亚麻子。果树缺锌时常呈“小叶”。施用氧化锌或硫酸锌于土壤中，能防止作物缺锌。为了提高锌肥效果，应使锌肥与土壤充分混合。缺锌也可用氧化锌拌种或发芽后用硫酸锌喷施来加以克服。在新南威尔士州，除了个别偶有发生外，并未发现其它元素的不足。