由微生物及其产物引起的食物中毒包括细菌性食物中毒和真菌毒素型食物中毒。由于肉和肉制品不是真菌毒素产生的良好基质，所以细菌性食物中毒是肉类中最常见的食物中毒类型。据统计，我国每年发生的细菌性食物中毒事件占食物中毒事件总数的30%～90%，人数占食物中毒总人数的60%～90%。
细菌性食物中毒的类型有两种：一是被人体摄入的食物内含有大量的致病菌，这些致病菌进入人体后大量繁殖引起的中毒；二是细菌在食物内生长繁殖并产生毒素，这种食物被人食用后引起的中毒。前者常称为感染型细菌性食物中毒，后者则属于毒素型细菌性食物中毒。
在肉类中引起毒素型食物中毒的细菌只有肉毒梭菌；而引起感染型食物中毒的细菌则包括：沙门氏菌、产气荚膜梭菌、肠内弯曲杆菌(空肠弯曲杆菌和大肠弯曲杆菌)、单胞增生李斯特氏菌、致病性大肠杆菌等；金黄色葡萄球菌属于感染和毒素混合型食物中毒细菌。