工会组织机构设置原则包括：(1)服从目标和任务的原则。组织机构是实现一定任务和目标的手段，任务和目标是组织机构设置的客观依据。因此，机构的设置必须与组织目标一致，与组织的任务相适应，坚持有利于完成任务和实现目标原则。(2)精干的原则。组织机构的设置必须达到精简、统一、高效、节约和防止官僚主义五项目标。同时人员要精干，素质要好，办事效率要高。(3)责权相当的原则。责权相当要求明确各部门各成员的责任，确定所应赋予的相应的权力。权力和责任是组织机构建立和运转的两个基本条件。有权无责或权大责少，必然产生主观主义、官僚主义；反之，有责无权或责大权小，则责任难以履行，无法做好工作。(4)服务基层的原则。组织机构的设置要充分体现一切为了基层、一切为了群众的精神、变直接组织活动型为客观指导服务型。坚决改变那种上级工会对下级工会指令多、指导少；要求多、服务少的状况，要充分体现各层次的特点，不强行要求上下对口。