(1)内部审计与国家审计的关系
首先讲内部审计和外部审计的关系。因为工会审计属于内部审计，国家审计属于外部审计，谈工会审计和国家审计的关系，实际上是内部审计和外部审计的关系。明确了内部审计和外部审计的关系，就从广义上明确了工会审计和国家审计的关系了。内部审计和外部审计的关系是相互依存，相互联系，相互支持，相互制约的关系，内部审计是外部审计的基础，是国家审计体系的重要组成部分。外部审计则对内部审计起指导作用，是整个审计体系的主导、核心。
(2)工会审计同国家审计的关系
工会审计与国家审计的关系是业务指导关系。工会审计属于内部审计，内部审计接受国家审计的指导，是国家社会主义审计体系关系决定的。从工会审计的实际需要来说，它也离不开国家审计的指导，只有在国家审计的指导下，用国家审计统一的标准和要求来规范工会的审计工作，才能有利于加强工会审计的建设，才能有效地发挥工会审计的职能作用。事实上，自国家建立审计制度以来，工会的内部审计工作，就是在国家审计的指导下进行的，从而保证了工会审计工作的健康发展。因此，工会审计应加强同国家审计机关的密切联系，经常沟通信息，通报工作情况，积极主动地接受国家审计机关的业务指导；国家审计机关则应积极支持工会的审计工作，加强对工会审计的业务指导，并在指导中充分考虑工会组织的内部审计同其他单位的内部审计所具有的不同特点和条件。
三、工会审计与单位行政内部审计的关系
工会审计与企业、事业、机关、学校等单位行政的审计，同属内部审计，它们之间是平等协作的工作关系，不存在领导关系或指导关系。