葡萄牙人居留澳门后，即在澳设关征税。当外国商船来时，理事官便上船点验货物，抽取5%的货税。澳葡还建房出租，所得远远超过纳租。租住的主要是来澳门贸易的外国商人。但没有向居住在澳门的中国人收租征税的权利。1578年以前，葡萄牙人对华进行贸易，地点主要在澳门。中国商人去澳门，与外国商人进行以物易物的贸易，货物的进出口关税均由中国商人负担。从1578年起，葡萄牙才获准像朝贡国一样进入广州贸易。据统计，从这年起，葡人为在广州进行贸易，每年用于贿赂广东官员的费用达4000两白银。广州贸易每年两次：一次是在1月，展销从印度运来的货物；另一次是在6月末，销售从日本运来的商品。葡人在广州的行动受到种种限制，“他们必须晚间呆在他们的船上，白天允许他们在城内的街上进行贸易。然而这是在许多的守卫和戒备之下进行的”。葡人进出广州贸易时需交纳货税，但受到中国政府的特别优待：葡人一艘满载200吨货物的商船，第一次只要交纳吨税银1800两，以后再来只交纳600两；其他国家同一吨位的商船第一次要交纳吨税银5400两，以后再来时其商税照旧不变。葡萄牙护航的军舰不交吨税，其他国家的军舰则要交。葡萄牙商船在中国沿海失事，中国搭救之后无偿送回澳门；其他国家的商船往往要向中国交纳一定的营救费。由于享有中国给予的特许权和优待，葡人进入澳门后，垄断中国对外贸易达100年之久。这期间，除朝贡国进行少量的官方贸易之外，中国几乎全部进出口贸易都为葡人所垄断。