病毒病是小西葫芦的主要病害，又称花叶病。分布广泛，各地都普遍发生，保护地、露地种植都可受害。一般发病率10%～15%，严重时病株达20%～30%，常造成3～4成减产。其果实质量低劣，致小西葫芦提早拉秧甚毁种。除为害小西葫芦外，还可为害西葫芦、黄瓜、冬瓜、甜瓜等。
1．病害识别 该病从幼苗至成株均可发生。主要有花叶型、黄化皱缩型及两者混合型。花叶型表现嫩叶明脉及褪绿斑点，后呈淡而不均匀的小花叶斑驳，严重时顶叶变为鸡爪状，染病早的植株可引起全株萎蔫。黄化皱缩型表现植株上部叶片沿叶脉失绿，叶面出现浓绿色隆起皱纹，继而叶片黄化，皱缩下卷，叶片变小或出现蕨叶、裂片、植株矮化，病株后期扭曲畸形，果实小，果面出现花斑，或产生凹凸不平的瘤状物，严重时植株枯死。
2．药剂防治 发病初期用20%病毒A可湿性粉剂500倍液，或1．5%植病灵乳剂1000倍液，或83增抗剂100倍液，或抗毒剂1号250倍液，喷洒叶面。每10天1次，连续2～3次。