食品卫生标准是食品卫生监督机关和检验单位对食品卫生监督和检验的依据，所以，制定食品卫生标准必须慎重，要有明确的审批程序。
根据我国食品卫生法(试行)的规定，食品，食品添加剂，食品容器、包装材料，食品用工具、设备，用于清洗食品和食品用工具、设备的洗涤剂以及食品中污染物质、放射性物质容许量的国家卫生标准，以及卫生管理办法和检验规程，由国务院卫生行政部门制定或者批准颁发。国家未制定卫生标准的食品，省、自治区、直辖市人民政府可以制定地方卫生标准，报国务院卫生行政部门备案；食品生产经营部门或食品生产经营企业，经同级卫生行政部门同意，可以在产品质量标准中列入卫生指标。
此外，食品添加剂的国家产品质量标准中有卫生学意义的指标，必须经国务院卫生行政部门审定；农药、化肥等农用化学物质的安全性鉴定结论，也必须经国务院卫生行政部门审定。屠宰畜、禽的兽医卫生检验规程，由国务院有关部门会同卫生行政部门制定。