管理体制问题是水立法的核心问题。中国1988年《水法》第9条第1款规定：国家对水资源实行统一管理与分级，分部门管理相结合的制度。这一规定是根据中国国情，总结全国水资源管理经验提出的，也是水立法必须坚持的重要原则之一。坚持这一原则，就要做到：在水的立法、规划、调配和其他重要的水行政管理工作统一的前提下，实行从中央到地方分级负责。在各级人民政府领导下，凡必须统一管理的水事，由水行政主管部门管理；其他水事，则按照各级政府规定的部门职责分工，由有关部门管理。关于具体部门职责分工，各地情况差别很大，需要由国务院和地方各级人民政府根据实际情况规定，不宜上下一刀切。因此水法规定：县级以上地方人民政府水行政主管部门和其他有关部门，按照同级人民政府规定的职责分工，负责有关的水资源管理工作。目前，全国各省、自治区、直辖市都通过地方水立法，明确了各级水利部门是同级人民政府的水行政主管部门，逐步建立健全水资源统一管理机构，行使统一管理水资源职责，同时也不断地明确了同级有关部门的职责分工，协同水行政主管部门负责有关的管理工作。