商品流通费用审计，是商业企业资金耗费审计的重要组成部分。它是指对商业企业的商品流通费用是否合理的审计。
商品流通费用审计，必须依据有关法定的费用支出范围、支出标准和财会条例来进行，以审核该费用计划执行的效果，藉以查明有浪费、擅自挪用和违反财务制度的支付项目。应该查明会计账务处理有无差错，费用管理的内部控制制度是否健全。
实施商品流通费用审计，可分为两个阶段进行：
(一)实施一般性审计。通过有关计划和会计业务资料，检查该费用总额的计划执行情况是否合理，费用水平是否下降，检查费用管理的内部控制制度的执行情况，对费用的节约是否采取了有效措施；
(二)实施费用分项审计。通过各种费用，如保管费、包装费、商品耗损、手续费、折旧费、保险费、宣传广告费、发运费等等，对费用项目分类与详细的检查，查明财务支付是否合理，会计核算是否正确，有无舞弊或私分等行为。