建国以来，在党史的论着中存在两个问题：一是讲古田会议建党建军的伟大作用时，避而不谈“九月来信”(指1928年9月中央给红四军前委的指示信)对红军建设和古田会议决议形成的重要作用，即“大会根据中央九月来信的精神，指出四军党内各种非无产阶级思想表现、来源及其纠正的方法”(毛泽东：《关于纠正党内的错误思想》，《毛泽东选集》第一卷)。粉碎“四人帮”以来，广大党史工作者，对被埋没的“九月来信”和其前后的历史过程、内容及意义作了深入的研究，充分肯定了当时中央军委负责人周恩来在“九月来信”中的正确思想和他支持毛泽东重返红四军的主张，对古田会议所起的历史作用。
二是在关于中共党史的论述中，一直把红四军第七、八、九次党代表大会讨论的问题，说成是两条军事路线斗争。党的十一届三中全会后，党史界对此展开了热烈的讨论。肖克最早提出红四军“七大”的争论并非两条军事路线斗争的看法。党史工作者经过深入研究，基本上认为，红四军第七，八次党代表大会有原则性的争论，但不应作为两条军事路线的斗争(黄少群：《有关古田会议两个问题的研究》，《教学与研究》1981年第2期)。红军第九次党代表大会总结了我党我军的建设经验，作为此次会议结果的古田会议决议成了建党建军的的大纲领。