(1)病毒性鱼病标本 病毒性病原标本，宜收集发病早期的病鱼。将未死或刚死的病鱼，用含70%酒精的棉花抹去鱼体表面脏物，再进行解剖，取出病变的器官组织，这些均要在无菌条件下操作。
病毒与细菌不同，它只能在活细胞中繁殖，分离后的病毒用活细胞传代保存。一般采用以下方法保存：
①低温冷冻保存。出血病整体病鱼材料，在－20℃中保存2－3个月仍有很高的毒力
②50%磷酸缓冲甘油液保存。含出血病病毒的组织(肝、脾、肾和肌肉)放在5－8℃冰箱中，保存一年以上，仍可分离出病毒。
③真空干燥保存。病毒的活力在干燥情况下可长期保存。
(2)细菌性鱼病标本 收集细菌性病鱼标本时要严格防止标本污染，因此，取得病鱼材料后应立刻送实验室进行分离。野外调查采用以下方法暂时保存：
①冰块法。将病鱼材料暂放在有冰块的保温瓶中保存。
②棉拭子法。用棉花团抹下患处的血液或粘液，放在小试管中带回实验室，但时间不宜太长。
分离、纯化后的细菌病原体的保存：
①培养基保存。需不断地多次传代，手续麻烦，不易作长期保存。
②蒸馏水保存。在斜面试管内加5毫升无菌蒸馏水，制成菌悬液，一般在10℃以下可保存20个月。此法较简单。
(3)冷冻真空干燥保存。此法可保存菌种10－20年。
(3)真菌性鱼病标本 直接从病鱼体上取下一部分水霉的菌丝或患鳃霉的鳃组织，用4－5%福尔马林保存。