会计电算化系统的内部控制一般分为一般控制和应用控制。
一般控制主要包括组织控制、系统开发与操作控制、系统文书控制、系统工作环境控制和其他一般控制。
组织控制的一般措施是：
(1)计算机部门与业务部门的职责分离。
(2)计算机部门内部的职责分离。
系统开发与操作控制包括：
(1)系统开发控制。开发控制主要指开发前的可行性研究；开发中的设计、应用与审计部门的相互协作；投入使用前试运行。
(2)操作控制。主要是通过操作规程来控制。操作规程包括：操作计划、机器操作规程、作业运行规程、控制台记录规程、用机时间记录规程、数据文件控制标准、监察和检查措施以及应急措施等。
系统文件控制主要指对系统文件资料必须妥善保管，使用文件必须经过批准，借阅文件要登记，新文件纳入系统前要经系统主管审批。重要数据应加密保护，系统软件、应用程序和数据文件应复制备份。
工作环境控制主要包括机房管理制度控制、机器设备使用控制及会计数据存贮控制等。
应用控制主要包括输入控制、处理控制和输出控制。