处理中央与澳门特别行政区关系的原则主要有：
(1)主权和自治权兼顾的原则。为了体现国家主权的完整，凡属国防、外交等集中体现国家行为的事务一定要由中央来处理。为了确保澳门特别行政区的繁荣和稳定，凡属可以放权的领域，尽量交由澳门特别行政区自行处理，让澳门特别行政区享有高度自治权。
(2)授权与监督相结合的原则。中华人民共和国的一切权力属于人民。人民行使国家权力的机关是全国和地方各级人民代表大会。澳门特别行政区的自治权是由中央授予的，中央应保障澳门的高度自治权的实现，既不能随意变更自治权的范围，也不能随意干预澳门特别行政区依法对地方事务的管理。而澳门特别行政区行使自治权，则应接受中央的领导和监督。
(3)法制原则。无论是中央行使主权，还是澳门特别行政区行使自治权，都必须坚持法制原则，依法办事，一切以国家法律尤其是《澳门基本法》的规定为依归，而不能超越法律的规定。澳门特别行政区依法行使自治权，还包括其内部各政权机关依照《澳门基本法》的规定协调运作，行使各自的职权。